La maladie non professionnelle impacte l'acquisition de congés payés puisqu'elle n'est pas assimilée à du temps de travail effectif. Certaines conventions collectives peuvent toutefois prévoir que l'acquisition de congés payés est maintenue pendant la maladie, même si elle est d'origine non professionnelle.
Il était permis d'imaginer que cette position évoluerait, car la jurisprudence de la Cour de justice de l'Union européenne avait jugé qu'un salarié absent pour raison de santé ne pouvait pas voir sa durée de congés payés portée en dessous de 4 semaines (CJUE, 24 janvier 2012, aff. C. 282/10). Pour la CJUE, en effet, la directive 2003/88/CE du Parlement européen et du Conseil de l'Union européenne, du 4 novembre 2003 n'opérant pas de distinction entre les travailleurs absents pour maladie pendant la période de référence et ceux ayant effectivement travaillé pendant cette période, le droit au congé ne peut pas être subordonné à l'obligation d'avoir effectivement travaillé.
Dans le prolongement de cette décision de la CJUE, la Cour de cassation avait décidé d'assimiler l'absence du travailleur pour cause d'accident de trajet à l'absence pour cause d'accident du travail. De sorte que le salarié victime d'un accident de trajet continuait à acquérir des congés, pendant une période de suspension limitée à une durée ininterrompue de 1 an.
Mais dans un arrêt de novembre 2018, les juges ont refusé de donner une portée plus générale à la position de la CJUE estimant que la directive 2003/88/CE ne permet pas d'écarter le droit national. La haute juridiction française a refusé à une salariée le bénéfice d'une indemnité compensatrice de congés payés correspondant à une période pendant laquelle elle avait été placée en arrêt maladie. En effet, pour la Cour, cette période n'étant pas visée par l'article 3141-5 du Code du travail fixant les cas assimilés à des périodes de travail effectif pour la détermination du droit à congés, la salariée ne pouvait pas prétendre à une indemnité compensatrice de congés qu'elle n'avait pas acquis.
Une décision rendue en septembre 2021 laisse toutefois penser que les salariés devraient pouvoir solliciter le bénéfice de congés payés au titre de périodes d’arrêt maladie devant les tribunaux français en s’appuyant sur l’article 31 paragraphe 2 de la Charte des droits fondamentaux (voir notre article « Congés payés : impact du droit de l’Union européenne sur l’acquisition et le report des congés payés en cas d’arrêt maladie »).